Program Studi Magister (S2) Sejarah dan Kebudayaan Islam (SKI) Fakultas Adab dan Ilmu Budaya mulai dibuka pada tahun 2016, berdasarkan SK Dirjen Pendis Kemenag RI No.3543 Tahun 2016 dan SK Rektor UIN Sunan Kalijaga No. 145.3 tahun 2016. Secara historis dan kelembagaan, Prodi Magister SKI sudah ada sejak tahun ajaran 2009/2010 yang diselenggarakan oleh Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, di bawah Prodi Agama dan Filsafat.

Pada tahun 2015 ada wacana pemindahan Program Studi dari Pascasarjana ke fakultas bagi Prodi atau konsentrasi yang bidang keilmuannya linier dengan Jurusan/Prodi memiliki S1 di Fakultas. Oleh karena itu, sejak tahun 2016 Prodi Magister yang memiliki Jurusan S1-di Fakultas Adab dan Ilmu Budaya, dipindahkan ke Fakultas Adab dan Ilmu Budaya berdasarkan 2 SK di atas.